Pasteur Enstitüsü (Fransızca: Institut Pasteur), Fransa merkezli bir kar amacı gütmeyen kuruluştur. Vakfın kuruluş amacı özellikle biyoloji, mikroorganizmalar, hastalıklar ve aşılar hakkında araştırma ve geliştirme faaliyetleri yürütmektir. Kurum ismini kendi zamanında modern tıp alanında önemli katkıları olan, pastörizasyon mucidi, şarbon basili ve kuduz virüsü için aşı geliştiren Louis Pasteur"den almaktadır. Enstitü 4 Haziran 1887 tarihinde kurulmuş ve 14 Kasım 1888 tarihinde hizmete açılmıştır.
Bir yüzyılı aşkın süredir Pasteur Enstitüsü bulaşıcı hastalıklara karşı savaşta ön planda olmuştur. Paris merkezli bu dünya çapındaki biyomedikal araştırma kuruluşu 1983 yılında AIDS hastalığına neden olan HIV virüsünü ilk kez izole eden merkezdir. Uzun yıllardır difteri, tetanoz, tüberküloz, çocuk felci, grip, sarıhumma ve veba gibi bazıları öldürücü olan hastalıkları kontrol etmek için tıp bilimindeki araştırma ve keşiflerden sorumlu olmuştur. 1908 yılından bu yana, sekiz Pasteur Enstitüsü araştırmacısı bilim adamı çalışmalarıyla Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü kazanmıştır. 2008 yılında ise bu ödülü iki Pasteur Enstitüsü araştırmacısı paylaşmıştır.
Pasteur Enstitüsü 137 yıl önce kurulmuş Dünya genelinde biyoloji, mikroorganizmalar, hastalıklar ve aşılar hakkında araştırma ve geliştirme faaliyetleri yürüten Dünya’nın en iyi biyomedikal araştırma kuruluşlarından biridir. 2020 Temmuz’da Lille Pasteur Enstitüsü Aeriashield cihazları üzerinde yaptığı testler sonrası havada ve yüzeydeki koronavirüslerin yüzde 99"unu yok eder sonucuna ulaşmıştır. Pasteur Enstitüsü araştırmacıları testlerden alınan başarılı sonuçlar sonrası Moskitofree ile “Bilimsel Ortak” olma kararı almış ve uzun süreli bir anlaşma imzalanmıştır.